Mapas cartográficos do século XIX mostram que a profundidade do canal da barra de Santos era da ordem de 6 a 8 metros. Por sua vez, o sistema estuarino santista-vicentino é um ambiente que recebe aporte de sedimentos graças a forte irrigação provocada pelas bacias hidrográficas do entorno. Portanto, o canal do porto de Santos é naturalmente um canal que recebe enorme carga sedimentar.

As atividades portuárias no local necessitam de um amplo calado de navegação devido ao crescimento constante do número de navios, o que demanda um trabalho intenso de dragagem. Essa atividade tem algumas implicações no meio ambiente. A primeira delas é a erosão costeira provocada pelo solapamento das margens subaquáticas e áreas do canal. A segunda é o dano à vida marinha devido ao lançamento de material dragado (bota-fora) na área de descarte dentro da baia de Santos.